バラの数量が足りないがケース管理で在庫がある場合は、自動でケースから引当ができるような仕組みはあるのでしょうか。

そのような機能は実装しておりません。

ケースとバラを別々のロケーションで管理している場合に自動で荷姿変更を行ってしまうと、バラの場合とピックをするロケーションが異なるため現場が混乱する可能性があると考えられるためです。

出荷指示のステータスが一部引当済になっているものがあります。
何度か自動引き当てを押下しておりますが、引当済になりません。訂正方法を教えてください。

考えられるケースとしては、

・在庫が規定量足りていない
・該当商品の出荷数を1から2に変更されている
下記の場合元の1のぶんだけ引き当たっている状態だと思われますので再度自動引当の操作をお試しください。

引き当て不可のロケにある商品を強制的に引き当てたい場合はどのようにしたらよいでしょうか。

「手動引当」を使うのがよいかと思います。使い方については以下をご参照ください。

使い方については「こちら」